故事发生在一间私立学园之中，长濑准一（羽多野涉 配音）是一个平凡的男生，一直以来，他都和妹妹凑（平野绫 配音）一起过着波澜不惊的平静生活。一次偶然中，准一遇见了一伙不良少年正在欺负一名陌生少女，看不下去的准一挺身而出救下了少女，却被不良少年道出了自己想要隐瞒的灰暗过去。让准一没有想到的是，被他所救的

地球上的人类的安危被来自冥王星的巨大陨石Tanatos(希腊神话)所威胁着。为了对抗Tanatos，人类以国际太阳系开发机构“ISDA”为发足点，秘密进行着一向不为人知的开发计划“D计划”，计划内容为利用在小笠原近海发现的迷之生命体“龙”进行生态兵器的开发，然后利用“龙”去直接破坏Tanatos，正

“我毕业于东中，叫做凉宫春日。我对普通的人类没有兴趣。你们之中要是有外星人、未来人、异世界人或者超能力者的话，就尽管来找我吧。”这是凉宫春日的宣言，也是她对于平庸生活的挑战。 我们可能在很小时就不再相信圣诞老人的存在，也慢慢不会再对外星人，特异功能等等产生幻想。在生活的教化下习惯于平淡无奇的生活。可