故事发生在一个虚构的世界“庭园”之中，神秘的力量令一部分的人类获得了特异功能，“圣战天使”是传说中早已经失落的种族，他们能够变身成为超强的武器，通过和人类的合作进行战斗，如今，这一种族竟然渐渐开始了复苏。 库（石田彰 配音）是一位平凡而又善良的少年，某日，他邂逅了名叫蕾（高桥美佳子 配音）的神秘女孩

ハチミツとクローバー DVDは初回限定盤のみに数々の特典がついており、特に第5巻には「ローマイヤ先輩スペシャル」、9巻に「藤原デザイン事務所スペシャル」と完全新作エピソードが収録されている。